1.辣椒花的异交性 辣椒为常异花授粉作物，以自交为主，但有一定的天然杂交。不同的品种，甜椒类型，花柱短，其天然杂交率在5％以下；辣椒类型的品种，花柱长，天然杂交率高于20％。在开阔地区，辣椒最小的安全隔离距离是150米。由于辣椒的异交率较低，即使是其他方法制种如雄性不育的利用，也需要人工辅助授粉。
  2．繁殖系数高 一般杂交一朵花，辣椒品种可以获得80-200粒种子，甜椒类型可得200粒以上种子。商品辣椒的种植，农户每公顷用种量少，一般每公顷只需要450-600克种子，目前辣椒杂交育种仍以两自交系杂交为主，人工去雄仍是杂交制种的主要手段的原因。