健全农业生态环境补偿制度，是深入贯彻落实科学发展观的具体体现，是加强国家对农业支持保护的制度安排。《决定》明确提出：要健全农业生态环境补偿制度，形成有利于保护耕地、水域、森林、草原、湿地等自然资源和物种资源的激励机制。
《决定》强调，健全农业生态环境补偿制度，要立足于农业可持续发展，我国是一个人口大国，必须坚持立足国内实现主要农产品基本供给的方针，要按照科学发展观的要求，处理好发展农业生产与保护农业生态环境的关系，在发展中保护，以保护促发展。
《决定》明确指出，健全农业生态环境补偿制度，是发达国家的普遍做法，符合世界贸易组织农业协议绿箱政策。要从我国国情出发，建立稳定的补偿资金来源渠道，明确补偿环节、补偿主体、补偿标准和补偿办法，形成有效的激励机制。
一是对耕地保育，建立耕地质量档案，按照土壤肥力的提高幅度给农民合理的补贴，鼓励农民培肥地力；安排专项资金大力推广保护性耕作，开展受污染土地治理和修复，切实加强耕地质量建设。
二是对水域生态，鼓励推广应用节肥、节药、节水等资源节约型和环境友好型技术，推行农业清洁生产，鼓励畜禽粪便的资源化利用，减少化肥、农药的过量使用，控制农业面源污染，防止未达标的工业废水排入江河，依法加大处罚力度，推行农村垃圾的集中处理，控制农村的点源污染。
三是对森林、草原、湿地生态。继续落实退耕还林还草的各项扶持政策，巩固退耕还林还草的建设成果。按照政策对公益林的保护给予扶持和支持，加大对森林资源的保护和管理，加强林木的营造、抚育，不断提高森林覆盖率。继续实施草原围栏、人工草地、草地改良、饲草料基地等工程和项目建设，从政策上支持禁牧、休牧、跨区轮牧和牲畜舍饲养。加大对天然湿地保护的资金投入，防止天然湿地继续萎缩和消亡。
四是加强物种资源保护。增加物种资源保护的资金投入力度，强化原位保护、异位保护和专利保护，防止生物物种资源的破坏和流失，保持生物物种多样性，为农业可持续发展奠定基础。