作为我国“九五”期间的10个国家重大科学工程之一，该工程于2000年3月正式立项，由中国农科院作物科学研究所承担建设和运行管理任务。几年来，项目先后从国外引进了黎志康、林辰涛、毛龙等一批知名科学家回国。国内著名研究机构和大学的100名客座研究人员前来开展合作研究，大大提高了科研水平和成果质量。
中国农科院作物科学研究所所长万建民说，近几年来，这一工程共主持国家级科研项目300多项，获国家级奖励的成果达到39项，在国际上率先建成小麦、水稻、大豆的核心种质，发表论文800余篇，其中被SCI收录的论文100多篇，开展国际合作研究63项，培育新品种100多个，培养研究生148名，获得专利41项。
“中国农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程”的一流设备，一流人员，一流创新成果，曾令多方人士佩服不已。香港大学著名教授、中国工程院院士辛世文参观后感叹：它已超过了香港大学同类研究装备水平。但也有科学界人士担心重大科学工程会不会“金屋藏娇”？通过近5年运行，他们从科技界惯常的分散封闭走入集中开放研究。今天，专家来此参观后风趣地说，重大科学工程不再“金屋藏娇”了。
中国农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程，近5年来先后吸引中国科学院、北京大学、清华大学、中国农业大学等国内著名机构的100名客座研究人员前来开展合作研究，开放研究提高了科研水平和成果质量，在国际上率先建成水麦、水稻、大豆的核心种质，完成了《中国小麦品种改良及系普分析》等6部学术专著，发表论文800余篇，其中被SCI收录的论文100多篇，开展国际合作研究63项，培育新品种100多个，培养研究生148名，获得专利41项。
在国务院领导和科技部、财政部、国家发改委、农业部以及北京市等有关部门的关心和大力支持下，此项国家重大科学工程2000年3月正式立项，成为“九五”期间在建的10个国家重大科学工程之一。由中国农科院作物科学研究所承担建设和运行管理任务。项目建立了“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，对海外人才和国内人才产生了巨大的吸引力。他们先后引进了国际知名科学家黎志康团队5人从国际水稻研究所回国，林辰涛和毛龙等知名科学家也从美国回国。目前共引进中国农科院一级岗位杰出人才9名，二级岗位杰出人才13名。同时，购置价值8000多万元人民币的基因检测仪、生物芯片扫描系统、蛋白质自动测序仪等国际一流水平的仪器设备468台（套），为研究提供了先进的技术手段。为此，吸引一批国外留学和国内的优秀拔尖人才加入到重大科学工程研究队伍中。
中国农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程理事会和学术委员会成员由中国科学院、国家自然基金委、北京大学、清华大学、中国农业大学、中国农业科学院等单位的领导与专家15人组成。学术委员会成员为农作物基因资源与基因改良领域内学术造诣高、在国内外享有盛誉的专家，其中外籍委员和45岁以下中青年委员有7人。
该重大工程独特的运行机制是废除分散、封闭的研究方式，避免了“散兵游勇”的做法，提高专家的权威和工作效率。这里的大型现代科学装备、仪器并不是一家独有，而是对院内外专家开放，联合院内外、国内外优秀科研力量共同申请课题，协作攻关。同时，设立一定数量的开放课题，面向全国招标客座人员。
近年来，该重大科学工程承担国家“973”、“863”、国家攻关、国家自然科学基金及有关科研专项等重大（重点）项目，使我国农作物基因资源分子鉴定、基因克隆、遗传转化和农作物育种队伍科研素质在整体上有大幅度的提高。在遗传多样性与核心种质研究方面，使我国成为世界上拥有自主知识产权分子标记较多的国家，还将转基因抗病水稻和转基因抗病棉花及早实现商业化种植等。中国农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程常务副主任万建民博士在接受采访时表示，欢迎国内外同行前来开展研究，充分利用这个一流的技术平台，携手推进我国农业科学技术的创新.
