农作物的采收与处理过程中的卫生控制、采收器械、清洗用水及采后化学品的使用等，都对农产品的质量安全影响很大。许多病原菌可以通过采摘、包装和加工的工人传播到新鲜农产品上，尤其是生产食品应对从事采后农产品处理的员工进行卫生知识的培训和健康卫生检查。在采收过程中应当做到：
1.配备专用的采收机械、器具
保持采收机械、器具的洁净、无污染，重复使用的采收容器、采收工具和采收设备应定期进行清洗、维护。
2.保持采后处理区的清洁卫生
清除采后处理区内一切可能聚集、孳生蚊蝇的场所，生产废料和垃圾要用密闭的容器运走，实施有效的灭鼠计划。
3.清洗用水应满足相关要求
用于清洁农产品的用水，尤其是清洗可直接使用的新鲜果蔬产品的水质，是影响农产品卫生质量的关键要素，水质应达到生活饮用水卫生标准GB5749-85的要求。对循环使用的清洗用水应进行过滤和消毒，并监控和记录其水质状况。
4.使用化学品进行采后处理
农产品采后处理使用的化学物品包括洗涤剂、消毒剂、杀虫剂和润滑剂等，要按照产品说明书使用，做到正确标记、安全贮存。
采后处理过程中使用的采后化学品应是相关部门许可使用的产品，不允许使用产品销售目的国禁用的采后化学品。
5.质量要求
种植者应当自行或者委托检测机构对农产品质量安全状况进行检测。有下列情形之一的农产品，不得销售：
（1）农药等化学物质和硝酸盐、重金属、联苯多氯等污染物残留不符合农产品质量安全标准的；
（2）含有致病性寄生虫、微生物病原菌或者生物毒素不符合农产品质量安全标准的；
（3）使用的保鲜剂、防腐剂、添加剂等材料不符合国家有关强制性技术规范的；
（4）其他不符合农产品质量安全标准的。
