近年来，随着全国保护性耕作面积迅速扩大，保护性耕作农田杂草、病虫的发生危害以及防治的问题越来越受关注。中国农科院植物保护研究所组织专家组对陕西、青海、内蒙古、河南、河北以及东北地区保护性耕作示范区进行实地调查，调查结果如下：
因地制宜，选用适当的除草剂，掌握正确的使用方法，同时配合机械除草和农田栽培管理措施，完全能够在不增加除草剂使用量的情况下有效控制杂草的危害。在辽宁、河北、河南采用常规除草方法，在不增加除草剂用量的情况下就能较好控制杂草危害。从近年全国保护性耕作示范区病虫害发生危害调查发现，与传统耕作农田比较病虫害没有明显的变化，至今没有发现病虫害爆发而影响农作物产量情况。
国外研究结果也表明，耕作可使杂草种子垂直和水平移动，并改变土壤环境，从而促进种子萌芽、生根。在没有耕作的情况下，大部分杂草种子留在土壤表面或附近。土壤表面的种子与深埋的种子相比，更容易受恶劣环境条件的影响，也更容易受啮齿动物、土壤动物区系捕食和病原体的感染。因此，耕作能够提高杂草种子生存率。
免耕使土壤表面的作物残茬增加。作物残体通过改变与杂草萌芽有关的环境条件，通过对杂草幼苗生长的物理阻止，以及通过植物间的化感作用，抑制杂草。免耕往往也会增加土壤微生物、土壤动物区系和蚯蚓的数量和多样性。这些微生物能够直接或间接地影响杂草种子生存、萌芽以及杂草生长。
加拿大除草剂的使用量并没有随着免耕的采用而增加，只是除草剂应用的时间变了。在传统耕作制度中，除草剂主要是在作物种植时使用，而在免耕体系下，除草剂在作物播种之前和收获之后均可用来控制杂草。虽然在作物种植时仍使用除草剂来控制杂草，但使用数量或剂量减少了。
总的来看，病虫草是农业生态系统的有机组成部分，任何耕作制度都存在病虫草问题。保护性耕作条件下病虫草的发生规律与传统耕作方式下的发生规律有些不同，只要我们掌握了发生规律，并采取适宜措施，做好监测工作，病虫草的问题是可以解决的。
