马铃薯种薯在贮藏期间对温度、湿度和空气要求很严格，它既不耐寒又怕高温。因此，薯块贮藏是马铃薯种薯全部生产过程中的一个重要环节。现把该技术介绍如下。
1.温度：为块茎贮藏质量的最重要条件。据种养专业户的贮藏经验，薯堆内的温度与周围空气温度之差约是薯堆高度的1.8倍。通常要求堆高不超过2米，一般以窖高的l/2高度最为合适。及时做好堆温的调节是贮藏的关键。贮藏初期温度保持在15~20℃，伤口愈合以后应使窖温降至适宜温度。整个贮藏期的温度保持在2~3℃较为适宜。这段时期应加强空气流通，防止薯堆过热。而在立春前后，块茎正处于深休眠状态，呼吸弱、放出热量少，所以该期应防止外面冷空气进入窖内，避免块茎受冻。开春以后气温迅速升高，应防止外界热空气进入，避免块茎发芽，降低食用和种用价值。
2. 湿度: 刚收获的种薯湿度大，薯堆内水汽量高。初期，在温度高、湿度大的情况下，需要加强空气对流，以降低薯堆内温湿度。但当进入严冬季节，窖温逐渐下降，此时窖门气眼应全部封闭。最好在薯堆上覆盖一定厚度的草或其它秸秆，使其顶部的块茎较温暖，不致使其湿度过大而引起腐烂，而且覆盖物还可接受窖顶融化的霜水。窖藏期间湿度以80％~90％为最合适。
3. O2和CO2的浓度：在块茎贮藏初期，需氧多，放出的CO2也多。因此应创造较好的通气条件，才不会引起缺氧和CO2的积累。但如果通气不良，就会引起薯块组织窒息而产生“黑心”；CO2过多则会造成发芽率降低。