黄瓜种子为长椭圆形、扁平、黄白色。一般每个果实有种子100～300粒，种子千粒重16～42克。从受精到种子成熟一般需要35～40天，采收后的种瓜要存放5～7天，待完成后熟阶段后方可开瓤取种。采种后几周内有轻度休眠，种子发芽缓慢。在种子子叶中贮存着脂类和糊粉粒，发芽时水解，能够提供能量及形成新组织的原料，因此播种时应选择饱满的种子。

黄瓜种子的发芽年限一般为2～5年，而生产上采用1～2年的种子。新的黄瓜种子表皮有光泽，乳白色或白色，种仁含油份、有香味，尖端的毛刺（即种子与胎座连接处）较尖；而陈旧黄瓜种子，表皮无光泽，常有黄斑，顶端的毛刺钝而脆。

有些黄瓜病害是通过种子传播的，例如危害较大的枯萎病、炭疽病、黑星病、黄瓜花叶病毒病等，所以播种前应进行种子消毒处理。

从种子播种到第一片真叶显露为发芽期。一般历时5～6天。胚根首先伸长，即“发芽”，下胚轴加长加粗生长，子叶加大生长，并拱土直立，最后子叶由黄转绿，并展平。正常情况下，子叶长3～4厘米、宽2厘米。发芽期要求较高的温度和湿度条件，要求播种土层疏松、透气，以促使种子早出苗、出齐苗。